Ocupando vários espaços das antigas alas conventuais do edifício, a exposição permanente do MNAz documenta a história do azulejo em Portugal desde o século XVI à actualidade.

Em estreita ligação com o património azulejar apresentado, são integrados no discurso expositivo outros objectos de cerâmica pertencentes às colecções do museu.
Parte da exposição permanente faz ainda parte a igreja, o coro, a capela de Santo António e a capela da Rainha D. Leonor.